Nel 1866, a causa delle leggi eversive relative alla confisca dei beni ecclesiastici, il Convento, anche se in parte interrato, fu trasformato in ospedale d’isolamento per malattie infettive.
La nuova Chiesa, la terza in ordine temporale, fu ricostruita solo nel 1886 da Padre Luigi Castiglione da Bronte, a spese del Municipio, adattando l’antico refettorio ed ornata con alcuni elementi e portale appartenenti all’antica Chiesa di S. Camillo. Il refettorio così ristrutturato per fu riaperto al Culto.
Questa nuova Chiesa si affacciava su uno spazio ricavato dalla copertura dell’area della vecchia Chiesa inondata. Su questo spazio fu realizzata nel 1896 una croce votiva, mentre il nuovo campanile sorgeva sopra quello antico non più esistente. In questa nuova chiesa era esposto un dipinto di Gregorio Panebianco rappresentante S. Francesco d’Assisi, oggi conservato nell’attuale Chiesa parrocchiale di S. Maria di Gesù Sup. Il sisma del 1894 provocò seri danni alla nuova struttura e quel che ancora rimaneva fruibile dell’antico sito monastico venne completamente distrutto dal terremoto del 28 Dicembre 1908.